Where are your sister? Почему в этом предложении нужно to be(are)

Только верно будет "Where is your sister?", т.к. your sister - это she, а с he,she,it употребляется is.

И да, to be может переводиться как "находиться", то есть, к примеру:

My sister is at home. -- Моя сестра дома.

В британском, чтобы составить вопрос, необходимо поменять порядок слов, т.е. ставить форму to be (am, is, are) на первое место перед подлежащим (либо, в нашем случае, после специального слова).