It was dark and cold. At one moment he thought that

It was dark and cold. At one moment he thought that he had lost his way.

It was dark and cold. At one moment he thought that he had lost his way.

Было мрачно и холодно. В какой-то момент ему показалось, что он заплутался.

Он поначалу заплутался, а потом только подумал об этом. То, что происходит ранее - Past Perfect, а позже Past Simple.