There is a pie and a glass of milk. или There

Нужно пользоваться первым вариантом, так как первое перечисляемое слово представляет собой существительное в единственном числе. Потому следует употребить оборот there is. There is a pie and a glass of milk. Пирог и стакан молока.

В случае, если бы после оборота шли существительные во множественном числе, то в обороте требовалось употребить форму are глагола be.