I have been working for last two nights .... or I

Здесь будет правильным 1-ый вариант: I have been working for last two nights. Поэтому что в нём употреблено время Present Perfect (have +3 форма глагола), которое разговаривает о том, что действие выполнено к данному моменту, не так давно (for last two nights). А второй вариант ошибочен, т.к. в нём Past Perfect, который извещает, что действие было выполнено до какого-то действия в прошедшем. То есть, к примеру: Before 1999 I had been working here for two years (до 1999 года я работал тут в течении двух лет).