Переработать в косвенную речь He asked What are you doing"?

Чтоб поменять прямую речь в косвенную в английском языке необходимо соблюдать управляла согласования времён. Если в основном предожении применено прошедшее время, то в придаточно предложении нельзя употребить формы истинного либо грядущего времени и необходимо изменть временную форму глагола на форму прошедшего медли. В предложении - He asked What are you doing"? - необходимо во второй доли поменять Present Continuous на Past Continuous. 

He asked what you were doing. либо He asked what he/she was doing. Выбор местоимения зависит от того о ком говорится в предложении.