Jim ...for Mary half an hour yesterday(wait)

Jim had been waiting for Mary for half an hour yesterday.

В данном предложении идёт речь о деяньи, которое длилось в течение некого медли в прошлом (for half an hour) и завершилось перед некоторым моментом прошедшего (yesterday):

Вчера Джим ожидал Мэри полтора часа.

Означает это предложение составлено во временной форме Past Perfect Continuous. Утвердительные предложения в этом медли образуются при поддержки вспомогательного глагола to be в Past Perfect (had been) и причастия истинного медли основного глагола (Present Participle - инфинитив глагола + окончание -ing):

Подл. + had been + Present Participle