В чем разница in, on, at

Предлог оn мы употребляем когда желаем сказать, что какой то предмет или кто-либо находится на поверхности. Например: There is a book on the table.
Положение на реке и озёре, дороге, этаже: on the coast of a river.
О транспорте мы тоже скажем on: on the bus; on the plane.

Предлог in мы употребляем когда желаем сказать, что какой-то предмет лежит снутри чего-либо. К примеру: We put the books in a table. 
Также употребляем с названиями государств и сторон света. К примеру: We live in Samara.

Предлог at используем, когда говорим о определенном месте или цели. Например: at the bus stop.