Как верно задавать вопросы в сложноподчинённом предложении ? Вы понимаете, что

Вопрос простой и вопрос в составе сложноподчинённого предложения - это различные вопросы. У их различный порядок слов. Сравните:
What is it? что это?
Do you know what it is? Ты знаешь, что это ?
В сложноподчиненном предложении в вопросах прямой порядок слов, то есть поначалу подлежащее, а уж позже глагол.
к примеру:
Can you tell me where the bus station is? Вы не подскажете, где автобусная остановка?
Where is the bus station? Где автобусная остановка?
Чувствуете разницу?