Does ANYBODY live in this house?Как ответить что да, живет? Джон

Я мыслю, что ответить можно последующим образом.

Yes. somebody does. John lives there. - в случае, если непременно нужно сделать два предложения.

Я бы ответила в речи - Yes, sure, John lives here.

it - не подойдёт, поэтому, что в вопросе у тебя теснее указанно anybody (то есть, ясно, что речь идет о человеке).

anybody - в данном случае я бы не поставила (только если ты желаешь сказать, что уж кто-то то в этом доме живёт, к примеру, если ты по ночам видишь свет в нём, а он считается заброшенным).

he - подошло бы для старого английского, когда не было феминизации языка (сейчас, к примеру, пишут, he or she war hero либо shero - если разговаривать о даме-герое).