Какой процесс может нарушить сцепление генов?

Это кроссинговер - обмен участками гомологичных хромосом

Причиной нарушения сцепления генов служит кроссинговер - перекрест хромосом в профазе 1 мейотического разделения.
Чем далее друг от друга гены расположены в хромосоме, тем выше возможность перекреста между ними и тем больше процент гамет с перекомбинированными генами, а следовательно, и больше особей в потомстве, хороших от родителей. За единицу расстояния меж генами в одной хромосоме принят 1% кроссинговера, нареченный одной морганидой.