Глава администрации района РТ своим постановлением установил налоговую льготу по уплате

В соответствии с современным законодательством (НК РФ и Конституция РФ) формой законодательной деятельности мэра являются постановления (которые носят нормативных характер) и распоряжения (носят персонально-определенный нрав). В данном случае глава администрации попробовал своим постановлением, которое распростроняется на неопределенный круг субъектов попробовал высвободить от налоговой обязанности (установленной п.1 ст. 3 Налогового кодекса) конкретное личико (в данном случае - предприятие А.). Если глава и хотел высвободить предприятие, то обязан был издавать распоряжение. Как следует, представление, вынесенное прокуратурой обоснованно.
Установление налоговой льготы для всех категорий налогоплательщиков неприемлимо, т.к. это противоречит принципу, закрепленному в п. 5 ст 3 НК РФ: "Ни на кого не может быть возложена повинность уплачивать налоги и сборы, а также другие взносы и платежи, владеющие установленными истинным Кодексом признаками налогов или сборов, не предусмотренные истинным Кодексом". Так как такая налоговая льгота не предусмотрена в НК, то и нормативно устанавливать ее нельзя (можно только для определенной организации).