Когда самолет летит над облаками, то пассажирам время от времени кажется, что самолет

Это "воздушная яма" в том смысле, к которому все привыкли - это сильный нисходящий поток воздуха. Он появляется из-за неравномерного рассредотачивания температуры или давления в атмосфере. Т. к. теперешние пассажирские лайнеры летают на вышинах не наименее 5 км (а обычно 10-12 км) , то попадание в такую "воздушную яму" не представляет никакой угрозы ни для самолёта, ни для его пассажиров. Ну, ощутят пассажиры краткосрочную невесомость - так это же занимательно, некие богатые люди даже специально на самолётах для этого летают (причём уплачивая средства).