У нас есть .bat файл. Если прописать: echo [Команда]amp;gt;[Место сохранения]\Имя файла

Если писать команду таким образом, как написано в вопросе, то есть без переносов строки и без знаков, то в файле предназначения, куда адресуются эти строчки будет написано то значение, которое записано в области Команда, потом будет стоять пробел, потом echo, потом то значение, которое записано во 2-ой области Команда.
Чтобы в файле находились только команды, необходимо во-первых, добавить перенос строки перед 2-ой командой echo.
Потом, так как во второй команде есть знак gt;, он оказывает влияние на то, что файл заново перезаписывается.
Его необходимо заменить на символ gt;gt;.