когда началась смута и кто управлял пока она не завершилась

Смута началась лишь осенью 1604 г., когда на территорию Российского государства вторгся небольшой отряд Лжедмитрия I и начались военные деянья. 
Дату начала смуты определяют по-различному:1584  год погибели Ивана Строгого;1591  погибель принца Дмитрия в Угличе;1598  смерть Фёдора Иоанновича либо начало правления Бориса Годунова;1604  выступление самозванца.   Неясное время было закончено с великими территориальными утратами для Руси. Смоленск был утрачен на длинные десятилетия; западная и веская часть восточной Карелии захвачены шведами. Не смирившись с государственным и религиозным гнётом, с этих территорий ушло фактически всё православное население, как российские, так и карелы. Русь растеряла выход к Финскому заливу. Шведы покинули Новгород только в 1617 году, в полностью разорённом городе осталось только несколько сотен жителей.