назовите основные трудности в деятельности ученых раннего Нового медли.

В религиозном плане 15-17 века малюсенько чем отличались от средневековья. Так Галлилео Галилей, один из самых знаменитых ученых в истории, был сожжен на костре в 1642 году. 
Можно сказать, репрессии против ученых в Новое время даже усилились, 15-17 века являются расцветом Святой инквизиции. Еритиков, волшебников и ведьм массово сжигали на кострах на медленном либо прытком огне, четвертовали и закапывали живьем. Имущество этих злосчастных как правило переходило в личное владение монархов, церкви и прочих правителей. Очевидно, любое занятие наукой угрожало ожесточенными пытками и гибелью. 
В Испании экзекуция действовала до 1808 века, пока ее Наполеон не разогнал, в неких регионах современной Италии она сохранилась до середины 19 века. 
Таким образом, религиозный фанатизм, на службе властолюбивых монархов тормозил мировой прогресс не только в средние века, но и в Новое время, особенно вплоть до 18 века. И сейчас слышны эти отголоски. Кто-то пытается остановить изучение стволовых клеток, генетики и иных направлений, которые по мнению неких верующих вмешиваются в дела Бога.