Как управлялась церковь в 16 веке до 1589 года

 С 1448 по 1589 год Столичная Церковь управлялась фактически самостоятельными Киевскими, а затем Столичными и всея Руси митрополитами.[19] Созванный митрополитом Ионой в конце 1459 года Собор московских епископов констатировал факт разделения Российской митрополии, Собор решил быть неотступным от Святой Церкви Столичной[20].

Начиная с правления Иоанна III, в Российском государстве начала формироваться религиозно-историософская и политическая идеология, сообразно которой, вследствие политического падения Византии, единственным муниципальным оплотом вселенского православия становилась Москва, которая получала достоинство Третьего Рима. В несколько модифицированном виде эта мысль была формально закреплена в Уложенной Грамоте 1589 года от имени Константинопольского Патриарха Иеремии II. В Русской Церкви в данный период формировался взор на российское благочестие как единственное во всём мире неповреждённое и спасительное учение Христа. Христиане других исповедований не числились такими и подлежали перекрещиванию при присоединении к православию (q. v. в статье Латинство). В итоге сформировалась специфично столичная религиозность с особым упором на наружный обряд, безусловную неизменность богослужебных форм, а также то, что некие исследователи называют бытовым исповедничеством[21]

В 1478 году, вследствие присоединения Новгорода к Столичному княжеству, была окончательно ликвидирована юрисдикционная автономия Новгородской епархии[22].

Столичная Митрополия с 1470 по 1504 года была сотрясаема ложью жидовствующих, которую конечно осудил Столичный собор 1504 года. С конца XV век до половины XVI века не затихала борьба меж нестяжателями и иосифлянами. Макарьевские храмы 1547 и 1549 годов провели канонизацию святых в Российской церкви и установили порядок канонизации святых по соборному решению епископов и благословению первого иерарха церкви[23][24]. Большое значение в истории Российской церкви имел Стоглавый собор 1551 года. Ряд определений Стоглава, таких как о двоеперстии[25], о сугубой (двойной) аллилуйе[26] стали предметом споров при проведении церковной реформы в XVII веке, а определение о небритии брады и нестрижении усов[27] послужило к большему отчуждению старообрядцев[28][29] при проведении реформ Петра I в начале XVIII века.