. Следователь, окончив расследование уголовного дела, направил его прокурору для передачи

В соответствии с пп. 14, 15 ч. 2 ст. 37 УПК РФ:
В ходе досудебного производства по уголовному делу прокурор уполномочен:
14) утверждать обвинительное заключение, обвинительный акт или обвинительное постановление по уголовному делу;
15) отдавать уголовное дело дознавателю, следователю со своими письменными указаниями о производстве дополнительного расследования, об изменении объема нарекания либо квалификации деяний обвиняемых или для пересоставления обвинительного заключения, обвинительного акта либо обвинительного постановления и устранения выявленных изъянов.
В соответствии с той же статьей давать указания о производстве процессуальных деяний прокурор не может (такое полномочие есть только в отношении дознания - п. 4), давать указания относительно избрания определенной меры пресечения прокурор также не может.

Таким образом, только требование об изменении квалификации нарекания правомерно. Что дотрагивается производства очных ставок, прокурор может только указать на неполноту расследования, неименье необходимых доказательств и необходимость убрать нарушения закона. Указать какие непосредственно следственные деянья нужно провести прокурор не может, т.к. в согласовании с п. 3 ч. 2 ст. 38 УПК РФ  следователь уполномочен самостоятельно устремлять ход расследования, принимать решение о производстве следственных и других процессуальных деяний, за исключением случаев, когда в согласовании с истинным Кодексом нужно получение судебного решения либо согласия управляющего следственного органа.