В каком отношении находятся меж собой понятия система и целое, элемент

Система - это что-то состоящее из целого, определенных долей.
Следовательно, можно утверждать, что всякое целое это и есть система
Система (глядя с какой стороны глядеть), по большей доли определение, но это не опровергает того, что это "целостность".