какое правило нарушил школьник в процессе самостоятельных занятий, если занятия проходили

Все дополнительные занятия, такие как кружки, факультативы,  секции и т.д.  могут быть только добровольческими.

Вероятный вариант нарушения  время от времени в школе понуждают малышей посещать дополнительные занятия.

Справка. В каждой школе есть учебный план. В нём записано, какие предметы изучаются в данном классе и сколько на эти предметы уделяется медли. Потому  никто не может вынудить школьника посещать дополнительные занятия. К примеру, если в учебном плане нет физики твердого тела как неотклонимого предмета, то этот спецкурс можно не посещать.

Что делать?

Исходим из  того, что хоть какой учитель высоко оценит ученика, который имеет дополнительные познания, приобретенные на спецкурсе. При сдаче экзамена по главному предмету, это только пойдёт ученику на выгоду.

Если вы опасаетесь, что все же учитель будет относиться к ребенку тенденциозно, обсудите ситуацию с учителем, завучем школы, напишите заявление директору.