почему при склонении денек е исчезает

Это беглая гласная. 
Если пояснять, то на помощь придет старославянский язык. дело в том, что на место Е ранее был Ь, который в сильной позиции слышался как Е, а слабенькой - не был слышен. Но его по повадке писали. Позднее, после реформы в правилах, Ь не стали писать, а под ударением стали употреблять Е.
Вроде бы так. Немного сумбурно, но, полагаюсь, понятно