Окончание не входит в базу слова, потому что...

Окончание дифференцируемая часть слова, которая служит для 
образования различных форм одного и того же слова, а также для 
связи слов в словосочетании и предложнии.
Потому что база одна, а окончание изменяется в зависимости от числа и падежа.
Смотри, слово зелёный- зелёнАЯ, зелёнЫЕ.
Окончание меняется.

Поэтому что в базу входит неизменяемая часть слова, а окончание может изменяться даже при одной и той же базе.