почему в транскрипции никогда не пишуться е,ё,ю,я

В транскрипции всегда пишут только звуки.
А таких звуков, как "е", "ё", "ю", "я" - нет. Произношение данных букв состоит из нескольких звуков.
То есть, данные буковкы "распадаются" на несколько звуков.

Например:

Буковка "е"
Говорим "йе".

Буква "ё"
Разговариваем "йо"


Буковка "ю"
Разговариваем "йу"

Буковка "я"
Говорим "йа"

Поэтому что данные буковкы обозначают:
1 случай: в начале слова, после гласной, перед ь, после ъ они означают два звука, потому записываются как: [й'э], [й'о], [й'у], [й'а].
2 случай: буковкы означают один звук и указывают на мягкость согласного, стоящего перед ними. К примеру: вера- транскрипция [в'эпоха], гласная е показывает на мягкость согласной в.