почему в слове зависит ИТ окончание и буковка И подчеркивается одной

Глагол ЗАВИСЕТЬ - это глагол 2 спряжения. В собственных окончаниях глаголов 2 спряжения пишутся буквы И, А, Я.

Потому в форме 3 л. ед. ч. ЗАВИС-ИТ мы напишем окончание ИТ, а не ЕТ (окончание ЕТ - это окончание глаголов 1 спряжения).

Букву И можно НЕ подчёркивать (это НЕ принципиально, это НЕ ошибка), довольно графически выделить ИТ как окончание (брать в квадратик).

(Он,она,оно) зависит-3 личико,ед.ч.,наст. время глагола ЗАВИСЕТЬ (2 спр.-глагол-исключение),поэтому подчёркивается как собственное окончание.