В далёкие доисторические времена,славяне поклонялись языческим богам,но в конце первого тысячелетия..Почему

 В далёкие доисторические времена,славяне поклонялись языческим всевышним,

Осмотрим первую часть сложного предложения.

(Кто?) славяне - подлежащее (имя существительное).

Славяне (Что делали?) поклонялись - сказуемое (глагол).

Поклонялись (Кому?) богам - добавление (имя существительное).

Богам (Каким?) языческим - определение (имя прилагательное).

Поклонялись (Когда?) во времена - обстоятельство (имя существительное).

Обычное событие медли, обособлять запятой не необходимо.

Времена (Какие?) дальние - определение (имя прилагательное).

Времена (Какие?) доисторические - определение (имя прилагательное).

Таким образом, в этой части предложения находится одна грамматическая база, нет никаких дополнительных конструкций, следовательно, ставить запятые в ней не необходимо.