Как правильно пишется что ли?

"Что ли" пишется отдельно. 
Затруднение может возникать поэтому, что в разговорной речи мы совсем не делаем паузы меж местоимением "что" и частицей "ли", произнося их вкупе: [штоли]. Но частица ли в этом и во всех иных случаях (с наречиями, существительными, глаголами, местоимениями и т.д.) пишется только отдельно. 

На письме перед "что ли", как верховодило, необходимо ставить запятую, так как это сочетание употребляется в функции вводного слова для выражения сомнения. 

К примеру: "Ты почему так опоздал? Проспал, что ли?"