Как можно объяснить тот факт что в природе существует 89 хим

Частично, думаю, это можно объяснить наличием изотопов большинства частей, желая в данном случае - это скорее аллотропия. Явление, когда один и тот же самый элемент имеет не однообразное строение атомов и отсюда различные свойства. Обычный пример - углерод. Может быть как алмазом, так и графитом, графеном, карбином и тд. Фосфор имеет 11 аллотропных модификаций. Также пример может быть озон и кислород.