My father is working in a bank. - Мой отец работает в банке (на данный момент).

Так как это Present Continuous (истиннее долгое время), то имеется в виду, что в тот момент, когда произносится это предложение - его отец работает в банке.

В качестве кандидатуры можно использовать Present Simple (обычное истиннее время):

My father works in a bank. - Мой отец работает в банке.

В данном случае имеется в виду, что отец имеет работу в банке, и не главно совершает ли он этот процесс работы в данный момент.