They were in Moscow предложение отрицательный

They were not in Moscow. Они не были в Москве.

В предложениях, где смысловым глаголом является одна из форм глагола to be, отрицательная частичка not ставится сходу после этой формы.

Если бы сказуемое в предложении было выражено другим глаголом (к примеру: They lived in Moscow - Они жили в Москве), то для построения отрицания было бы нужно ввести вспомогательный глагол, который и взял бы на себя отрицательную частицу (They did not live in Moscow Они не жили в Москве).