почему по каменистому дну реки ходить не так больно чем с босыми ногами

Поэтому что сила давления на камушки берега равна весу пешехода. В реке же из этого веса вычитается (в согласовании с законом Архимеда) - сила, одинаковая весу воды в объёме части тела, погруженной в воду. В реке убавляется сила давления ходока на камушки, значит, уменьшается давление на камушки (и, соответственно, давление камушков на стопу).
А убавляется давление - убавляется и тот дискомфорт, которое оно вызывает.

А ещё в воде мы легче!

помните закон:
тело, всунутое в воду,
выпирает на свободу
с силой выпертой воды
телом, всунутым туды))