В 1687 году Софья окончила начатое еще при Федоре по инициативе

В 1687 году было достроено здание, куда переместилась Славяно-греко-латинская академия. С этого момента ведется отсчет высшего образования в Русском царстве. Желая сама академия была не светским учреждением, а духовным, в ней могли обучаться не только дети высшей знати, но и купцов, и холопов. Максимальное количество учащихся на момент закрытия -  1600 человек. Из стенок этой академии вышел Ломоносов основоположник Столичного института. При академии действовала самая великая библиотека в Русском королевстве и театр, в котором ставили постановки на библейскую тематику.