Почему, не смотря на то что главой Новгорода считался князь, мы

Поэтому что главой он был номинальным. Князь исполнял в большей мере представительские функции и при этом, в случае нападения, мог возглавить войско из дружинников и ополчения. При этом в политическом плане важные вопросы решались не им самолично, как это было принято во многих других княжествах Руси, а на народном вече, которое носило практически нрав прямой демократии. Исходя из этого называлось оно Новгородской республикой, поэтому что имела фактически республиканский строй, хотя и руководителем был князь.