Юрий плавает на корабле "Юпитер" он там работает юнгой у него

Да, в данном случае запятые необходимы, ведь предложение уточняет, что некий Юрий плавающий на некотором корабле "Юпитер" работает там юнгой, конкретно фразу он там работает юнгой необходимо выделить запятыми, иначе можно написать через и. Юрий плавает на юпитере и у него там уютная каюта. Вообще запятых и иных знаков в предложениях необходимо довольно много, они разбивают смысл на отдельные, понятные частички, и не дают инфы литься одним комком, создавая воспоминание, что у юпитера каюта на нем же самом.