Вся природа: лес, и луга, и речка , и плывущие по

В предложении имеются однородные подлежащие, соединенные циклическим союзом "и". Запятые ставятся перед каждым из однородных членов.

Слово "казалось" является вводным, находится в середине предложения и, как следует, должно обособляться с обеих сторон. 

Верный вариант расстановки запятых: Вся природа: лес, и луга, и речка, и плывущие по небу облака, казалось, довольствовались этому утру.

Тире после перечисления однородных членов может быть опущено.