Три тыщи 2-ой ученик в винительном падеже

Для того, чтоб изменить порядковое числительное по падежам, необходимо задать подходящие падежные вопросы и направить внимание на род имени существительного, с которым оно согласуется. 

И. п. (Какой?) - Три тысячи 2-ой воспитанник.

Р. п. (Какого?) - Три тыщи второго воспитанника.

Д. п. (Какому?) - Три тысячи второму воспитаннику.

В. п. (Какого?) - Три тыщи второго ученика.

Т. п. (Каким?) - Три тысячи вторым учеником.

П. п. (О каком?) - Три тыщи втором воспитаннике.

Чтоб выяснить, какое окончание у числительного "второй" в Винительном падеже, нужно обратить внимание на категорию одушевлённости/неодушевлённости имени существительного, с которым это числительное согласуется. К образцу, для мужского рода одушевлённого объекта употребляется окончание "ого" - второго , а для мужского рода неодушевлённого предмета - "ой"- 2-ой.