What are you going to do at weekend? What do you

     В первом вопросительном предложении речь идет о планах на наиблежайшее будущее, потому употребляется конструкция  to be going to do something, которая переводится как "собираться (с)делать что-или ". Перевод в данном случае может быть таким: Что ты/Вы собираешься/собираетесь делать в выходные?.

     Во втором вопросе говорится о регулярных, циклических деяньях, потому употребляется Present Indefinite(Simple). И переведем мы это предложение так: Что ты/Вы обычно делаешь/делаете в выходные?.