Откройте скобки: When I (come) home yesterday, I (see) that my

When I came home yesterday, I saw that my little brother had broken my pen and was playing with its pieces. - Когда я пришел вчера домой, я увидел, что мой махонький брат поломал мою ручку и играл с ее кусочками. 

Придаточная часть предложения - простое прошедшее время (V2) - came. Начало основного предложения совпадает по медли деянья с придаточным (V2) saw. Дальше деянье, происшедшее ранее (had+V3) had broken, заключительнее деяние продолжается в момент речи в прошедшем (was+Ving) was playing.