в результате чего появились перуанский и чилийский глубоководные желоба?

Тут сталкиваются океаническая плита Наска и континентальная Южно-Американская, при этом Наска подплывает под континентальную плиту. Такой процесс называется субдукцией.
В итоге этого процесса на материке образуются высочайшие горы Анды, а у берегов материка - глубоководные впадины.