В конце концов ему удалось открыть окно. Вдруг стало мрачно, что я смутился.

Наконец ему удалось открыть окно. Вдруг стало темно, что я смутился. Я помыслил поначалу, что может быть зацепился за что-нибудь. 

Наконец - вводное слово, как следует, его необходимо выделить запятой.

Может быть - вводное слово, следовательно, его нужно выделить запятой.

Предложение с расставленными знаками препинания:

В конце концов, ему удалось открыть окно. Вдруг стало мрачно, что я смутился. Я помыслил сначала, что, может быть, зацепился за что-нибудь.